Queste misure sono state prelevate da un punto centrale e variano lungo il percorso di ogni portico. Varia altresì la circonferenza dei pilastri. Perchè tante anomalie architettoniche che anche un orbo avrebbe fatto del tutto per evitare? Bisogna chiamare in causa per forza l'eventuale imperizia del progettista e dei costruttori, oppure le anomalie sono da attribuire ad un fabbricato preesistente nel cui contesto il chiostro è stato costretto ad adattarsi? Se così fosse stato, come fanno sospettare alcuni elementi rilevabili dall'attento osservatore, bisognerà concludere che il chiostro è stato costruito dai Riformati, e cioè dopo il 1625. Benigno F. Perrone, invece, appoggiandosi alle notizie fornite da fra Bonaventura da Lama, dice che "i Riformati conservarono il quadriportico ereditato dagli Osservanti" (cfr. Storia della Serafica Riforma di S. Nicolò di Puglia, vol. I, pag. 315). Con certezza si sa soltanto che furono i pittori della Serafica Riforma ad affrescare, nella seconda metà del secolo XVII, il chiostro, ad eccezione di alcuni medaglioni raffiguranti sante canonizzate nei secoli successivi.

La datazione del ciclo pittorico non è più comprovabile con l'analisi stilistica dell'opera, a causa dei restauri che non solo hanno sfigurato i connotati somatici ma hanno integrato le parti cancellate o irriconoscibili con grossolane interpolazioni. E' possibile, tuttavia, risalire alla data più approssimativa avvalendoci del dato cronologico offerto delle vesti dei personaggi e dal mobilio che fa da sfondo alle scene. Alcuni pannelli, come quello della tentazione di Francesco d'Assisi in una sala del castello svevo di Bari e l'altro del vescovo decapitato, presentano vesti e arredi chiaramente di stile settecentesco. Un'altra prova valida a favore della nostra datazione si ricava dal dettato barocco delle didascalie poetiche, che sono piene di metafore mariniste e iperbolici richiami alla mitologia classica.