Nel 1981, a seguito di una convenzione stipulata tra i Superiori provinciali e la presidenza dell'Opera Pia, i frati tornarono nel loro antico convento, che da circa un decennio era stato abbandonato sia dal ricovero e sia dalle suore. La retrocessione era stata chiesta, perchè il Capitolo Provinciale aveva destinato questo convento a casa di formazione e di studio per i chierici di teologia, com'era già stata nel primo secolo della sua fondazione. Fu subito intrapesa una serie di lavori, condotti all'inizio un pò frettolosamente, con grave detrimento di ciò che meritava d'essere conservato. Bisognava recuperare al più presto, per metterli a disposizione dei sopravvenienti chierici, celle e locali, che si erano degradati a causa del decennale abbandono. Alcuni locali, che erano stati distorti dalla loro funzione nativa, mediante tramezzi e sovrastrutture, sono stati restituiti al loro servizio conventuale. Le nuove linee fognante, idrica ed elettrica comportarono la temporanea rimozione di ampie fasce di pavimento e di intonaco, provocando la perdita di residui di antichi affreschi. La cappella, che durante la permanenza del ricovero e dell'ospedale era stata adibita e adattata ad ambulatorio, fu riportata a luogo di preghiera con adeguati restauri.

L'antico refettorio dei frati, poi oratorio per gli ospiti anziani e ammalati, nel 1987 è stato restaurato radicalmente e destinato a sala di conferenze e convegni. Sono stati affrontati e risolti, a cominciare dal 1985, i problemi annosi delle fatiscenti coperture della chiesa e del convento, e dell'impianto di riscaldamento nel convento restituito nel 1981. Si è cominciato a ricostruire il patrimonio artistico del convento con ceramiche dello scultore Angelo Biancini di Faenza, con terrecotte di Francesco Prosperi di Assisi, con tele della pittrice Lidia Selvaggi di Foggia, del francescano Paolo Manocchio di Campobasso, del professore Lino Sivilli di Bitetto, e di altri pittori locali e nazionali. L'obiettivo dell'intera ristrutturazione del complesso conventuale, progettata dall'architetto bitettese Angelo Turchiano, è il centro di spiritualità per laici, preti e religiosi, che desiderano un luogo raccolto, solitario ed ameno per tenere gli esercizi spirituali, incontri di aggiornamento, convegni vocazionali, periodi di riflessione a livello spirituale e religioso.