A tutto ciò va ad aggiungersi il suo interesse per la formazione della figlia Bona, che era nata a Vigevano (o Milano ?) nelle prime ore del 2 febbraio 1494, come attesta una lettera del padre GianGaleazzo scritta in quella data da Vigevano. Bambina, Bona aveva avuto modo di assistere ai continui dispiaceri di cui la madre era vittima, ma era anche rimasta attratta dalla forte personalità per cui si affidava completamente alla sua guida e cominciava modellare il suo carattere su quello della madre. Isabella nel dolore della perdita del marito e dei figli, concentrò tutto il suo affetto e le cure materne sulla figlia Bona rimastale, e per risollevare politicamente la sua Casa, cercò di imparentarla con dinastie regali. Tentò quindi di impalmarla con Massimiliano Sforza, primogenito del Moro, che nel 1513 era divenuto duca di Milano, per cui un eventuale matrimonio tra sua figlia Bona e Massimiliano avrebbe riunito i diritti dei due rami sforzeschi (il suo e quello del Moro) sul ducato di Milano. I piani però fallirono, anche perché nel 1515 il nuovo re di Francia Francesco I, vittorioso sui nemici coalizzati con la battaglia di Marignano, rioccupò il ducato di Milano, portando prigioniero in Francia il giovane Massimiliano. Svanito il progetto per il ducato di Milano, Isabella svolse un’abile diplomazia per procurare un matrimonio principesco a Bona. Tentativi furono fatti presso i Savoia, a Urbino, in Francia, per mezzo di ambasciatori, di re, di imperatori e fin anche del papa, sino a quando riuscì a far combinare nel marzo 1517 il matrimonio con il re di Polonia Sigismondo Iagellone, vedovo senza prole maschile. Nell’archivio parrocchiale si conserva infatti la lettera inviata da Isabella il 9 gennaio 1517 all’arciprete di Modugno De Ruggiero, nella quale si chiedeva, così come ad altri parroci, di fare preghiere particolari per benedire questo matrimonio.

Per il matrimonio della figlia, Isabella assicurò come dote 500000 ducati ed il feudo di Bari alla sua morte. Per le spese del matrimonio furono chiesti e imposti tributi nel ducato e specialmente in queste circostanze Isabella si affidò all’esosità di Giosuè De Ruggiero.

Anche il capitolo di Modugno dovette contribuire per il matrimonio di Bona con l’offerta di 300 ducati, somma ingente in quell’epoca. Si trova nell’archivio anche la relativa deliberazione del capitolo. La somma di 300 ducati veniva ripartita per il numero dei sacerdoti appartenenti al Capitolo, i quali dovevano contribuire con la loro parte spettante. Il luogo del matrimonio, desiderava Isabella, che non fosse Bari, bensì Napoli, la capitale del vicereame, la città della sua dinastia. Il matrimonio sfarzoso si celebrò il 6 dicembre dello stesso anno, giorno della festa di San Nicola. La cerimonia si svolse nel Castel Capuano : Bona indossava un manto di raso turchino veneziano cosparso di api d’oro e di perle. Il vescovo delegato polacco, accompagnato da altri sei vescovi del regno, sposò per procura Bona e la incoronò regina di Polonia e duchessa di Lituania, Russia e Prussia. Per Isabella fu quello il più gran giorno della sua vita : le sue aspirazioni per la grandezza della sua casa si erano finalmente realizzate. I festeggiamenti durarono dieci giorni. Il 3 febbraio 1518 Bona partiva da Manfredonia per via mare sino a Venezia, per proseguire di lì per la Polonia, attraverso l’Austria, acclamata ovunque durante il viaggio. Nell’ottobre del 1519 nasce il primogenito di Bona. L’aspirazione di Isabella rimase sempre il ducato di Milano, perciò cercò di farlo assegnare al piccolo nipote. Ma nel 1524, il 12 febbraio spirava nello stesso Castello Capuano, che l’aveva vista nascere 54 anni prima. Fu sepolta, dopo funerali grandiosi e commoventi nella sacrestia della chiesa di San Domenico a Napoli, dove si vede ancora la magnifica arca rivestita di marmorea coltre trapunta, accanto alla tomba della regina Giovanna VI. Nonostante il grande e potente regno di Polonia fosse un campo adatto ad assorbire le prorompenti energie di Bona, la figlia di Isabella non trascurò mai il piccolo ducato di Bari. Designò infatti il 13 marzo 1524, Alifio, un dottore in legge barese, e il vescovo polacco Jan Dantyszek amministratori del ducato. Ma la successione di Bona venne turbata anche da contestazioni. Alla morte di Isabella, Francesco II Sforza, secondogenito del Moro, rivendicò presso l’imperatore Carlo V, succeduto a Ferdinando sul trono di Spagna, i ducati di Bari e di Calabria, sostenendo che la donazione fatta dal padre a Isabella era invalida perché era il Moro solo, l’usufruttuario dei feudi. Carlo V ordinò così di mandare via dal castello di Bari il Governatore di Bona e di sequestrare il ducato e le rendite. Ambedue le parti rimisero la questione al Regio Tribunale. Questa situazione incerta durò fino al ritorno di Bona dalla Polonia a Bari, cioè fino al 1555, sebbene durante tutto questo tempo essa abbia governato il ducato come fosse sovrana assoluta, mentre la contestazione continuava davanti ai tribunali. Ma ben presto l’accampato diritto di Bona sul ducato di Bari veniva così completamente scalzato, oltre che per l’invalidità della donazione del Moro, ma anche per l’illegalità dell’assenso del re di Napoli. Nonostante però che la causa fosse evidentemente perduta per Bona, Carlo V preferì soprassedere, lasciando per il momento alla regina di Polonia il governo del ducato di Bari, in attesa di venire con essa a una transazione. Fu solo nel congresso di Bologna tenuto da Carlo V il 24 febbraio 1530 per sistemare le regioni italiane che l’imperatore privò Francesco II Sforza della città di Pavia e gli impose il versamento di 900000 ducati, oltre alla rinunzia ad ogni diritto sul ducato di Bari. Il figlio del Moro fu confermato nel ducato di Milano, ma con la condizione che alla sua morte quel possedimento passasse alla Spagna. A Bona che in quel congresso si era fatta rappresentare dal fedele barese Giambattista Nenna, Carlo V concesse l’investitura dei ducati di Bari e di Calabria, però in via transitoria, per cui non le cedette il castello di Bari, che le fu consegnato invece 7 anni dopo.

Come Isabella d’Aragona, per avere parteggiato a favore della Spagna nel primo conflitto franco-spagnolo, aveva ottenuto dal re Ferdinando il Cattolico il riconoscimento del ducato di Bari, così la figlia Bona schierandosi dalla parte di Carlo V nel nuovo conflitto contro la Francia, riuscì ad ottenere dall’imperatore l’effettivo possesso del ducato barese.