Verso la fine della costruzione della chiesa sorsero, addossate ai muri, cappelle votive: due sulla facciata ai lati del portale principale (G, F), due sul lato Nord (B, C), due sul lato sud (A, D) ed una sul muro di transetto a Sud (E). Tutte queste costruzioni posticce, che hanno danneggiato l'unità stilistica della chiesa, avevano ariginariamente ingresso autonomo dall'esterno, come cappelle gentilizie; in seguito furono aperte nei muri portanti grandi arcate che mettevano in comunicazione le cappelle con la chiesa, danneggiandone anche l'integrità strutturale. Queste cappelle erano beneficiali, cioè il sacerdote addetto alla cappella aveva l'obbligo di celebrare le messe in suffragio dei morti lì sepolti. Entrando dal portale Sud, la prima cappella a sinistra è quella di S.Maria a Nives (D), oggi conosciuta come Cappella dell'Immaccolata. Fu ereta nel 1401 dal giudice P. Volpicella, il cui stemma è ancora visibile sull'arcata ogivale che dà nella chiesa. La copertura è con volta a crociera e costoloni. La finestra a destra ha una transenna in pietra con ornato di gusto orientale . Nella fascia marginale si può notare una affinità di lavorazione con quella dell'armadio a muro nella sacrestia: siamo nello stesso periodo e forse con le stesse maestranze: è senz'altro l'esempio più virtuoso nella tecnica e più raffinato nel gusto tra i vari modelli di transenne esistenti nella nostra chiesa. Possiamo supporre che anche le finestrine degli alti due lati siano stati in origine con chiusura a transenna, scomparse quando alla cappella si sono addossate le costruzioni civili. Sotto la finestra a Sud si nota un piccolo vano: forse l'ingresso originario della cappella all'esterno. Nel muro a sinistra è incastronata una scultura in altorilievo molto danneggiata dal tempo: pare S.Giorgio che uccide un drago con una lancia. In questa cappella é collocata la scultura più interessante di tutta la chiesa si tratta di un altorilievo con tredici figure in pietra locale databili intorno al 1100. Sono sculture ornamentali per il muro di recinzione dell'antico presbiterio, con un tema storico narrativo con stile prettamente romanico in cui vediamo già attenuato quel rigido frontalismo di tipo bizantino che si riscontra in altre sculture ornamentali della stessa chiesa. La chiara somiglianza somatica delle figure con quelle di un Cristo fra gli apostoli della cattedrale di Bitetto firmato da Lillum de Barulo, ci fa pensare che le nostre sculture appartegano allo stesso autore, oppure alla stessa bottega.
Non è facile dare un tema a questa scultura. Alcuni studiosi pensano si tratti di un Cristo fra gli apostoli ed altri Santi, altri di una cerimponia di rito greco, altri di una cerimonia del concilio di Bari del 1098. L'ipotesi più probabile e che la scultura sia la rappresentazione di un cerimoniale religioso di rito greco e latino. Non dimentichiamo che fino all' XI sec. la chiesa di Molfetta era alla dipendenze del partiarca greco perchè politicamente soggetto all'impero bizantino, e che gli anni intorno al 1000 furono un periodo di aspra lotta tra i pontefici romani e quelli greci per la priorità di dominio tra la chiesa di Roma e quella di Costantinopoli. Il vescovo di Molfetta in particolare prestava al partiarca di Costantinopoli l'omaggio di obbedienza e alla chiesa romana la subordinazione. Riti differenziati coesistevano nella chiesa di Molfetta, di cui raro documento potrebbe essere il bassorilievo in esame.
La cappella di S.Lucia (A) fu assegnata alla confratenita del SS.Sacramento. Insieme alla simmetrica alla cappella di S. Caterina (B), questa cappella viene da alcuni cansiderata una torre mozza. Ha copertura a cupola semisferica, due mezze colonne con capitelli colorati sui muri interni. Segue la cappella di S.Antonio (G), priva della copertura e non visitabile, nota già nel 1505. In corrispondenza dell'ingresso principale era ubicata la cappella di S.Corrado demolita dai restauri del 1941. A destra della porta d'ingresso è situata la cappella di S.Maria della Carità (F), senza copertura e non visitabile, fu riedificata nel 1650. Proseguendo, sul lato Nord si incontra la cappella di S.Caterina (B) . Vi era conservata una statua in legno raffigurante S.Caterina opera cinquecentesca del Molfettese F.Salepico. Coma la cappella di S.Lucia ha copertura a cupola semisferica ad ha una forma piuttosto massiccia; poiché faceva parte della cinta muraria sulla sponda del mare, all'angolo della città e molto probabile che si tratti di un'antica torre difensiva. In seguito acquisì un rosone ad Ovest ed un abside a levante, attualmente é adibita a battistero . Proseguendo, la cappella di S.Giuliano (C), fu edificata nel 1418. Da notare la copertura a botte ogivale con abside ad Est .