Gli altari laterali, in pietra dipinta, hanno tutti la medesima struttura e sono tutti sormontati da

dipinti di non mediocre valore artistico, alcuni dei quali furono dichiarati monumento nazionale. Due sono stati attribuiti con buona probabilità a Nicola Porta, pittore molfettano, mentre l'olio su tela posto sull'altare maggiore e raffigurante l'Immacolata è

opera di Carlo Rosa, pittore vissuto nel seicento, che elaborò un suo particolare manierismo pugliese e che per circa un ventennio, conquistò il monopolio dei lavori nelle chiese di tutta la regione. Purtroppo questi dipinti oggi versano in pessime condizioni, danneggiati dalle abbondanti infiltrazioni d'acqua, che rischiano di rovinarli irrimediabilmente se non si interviene in tempi brevi.