L'altare maggiore è in marmo, in stile rinascimentale e sostituì il presistente altare barocco, in legno finemente lavorato. Quest' ultimo fu portato nella chiesa S.Maria di Modugno, e quando la chiesa crollò, fu smontato nei suoi pezzi e depositato nei locali della chiesa Madre.	Al disopra dell'altare, tra una nube di marmo e uno stuolo di putti che sale verso l'alto, vi è la raffigurazione dello Spirito Santo.