Salito al trono re Alfonso V d' Aragona nel 1443, non solo conferma nel possesso della contea di Gravina e terre annesse l'Orsini, ma gli conferisce il titolo di duca, in sostituzione di quello di conte, concedendogli inoltre il privilegio de mero et mixto imperio, rendendolo così arbitro d'infliggere ogni possibile pena: dalla più lieve alla più grave e atroce.
Nel 1454 scosse di terremoto provocano il crollo della Cattedrale Romanica, del Castello Normanno e dell'episcopio, recando gravi danni allo stesso maniero federiciano. Nel 1494 Alfonso II, salito al trono alla morte del padre Ferdinando I, per discordie intervenute col duca di Milano, Ludovico il Moro provoca la venuta in Italia del re di Francia Carlo VIII, il quale - col consenso di papa Alessandro VI - rivendica il possesso del Regno, per diritto derivatogli dagli Angiò. Re Alfonso, forse impreparato a uno scontro d'armi o malvisto dalle popolazioni a lui soggette, abdica a favore del figlio Ferdinando II e fugge precipitosamente. Re Carlo entra senza difficoltà in Napoli e concede a Camillo Vitellozzo di Città di Castello il ducato di Gravina, tolto agli Orsini.
Rientrato in Francia Carlo VIII e morto nel 1496 re Ferdinando, Io zio di costui Federico d' Aragona, allora principe d' Altamura, riconquista il trono e reintegra Orsini nei suoi possessi.
Purtroppo le pretese al trono di Napoli tornano ben presto a pendere come spada di Damocle con Luigi XII, successo al cugino Carlo VIII. Papa Alessandro rafforza allora le sue milizie, affidandone il comando al figlio naturale Cesare Borgia, duca di Valentino, e - nell'intento di costituirgli uno stato - perseguita molti baroni della Romagna e delle Marche. Costoro insieme sollecitano l'aiuto di Luigi XII, mentre a sua volta re Federico d' Aragona chiede aiuto al re di Spagna, Ferdinando il Cattolico, il quale nella decisiva battaglia di Cerignola ( 1503) conquista il regno e Francesco Orsini, caduto prigioniero, viene impiccato dal Valentino.
Col trattato di pace del 1505, re Ferdinando concesse un condono a tutti i baroni fautori più o meno di Luigi XII e vi incluse Ferrante il figlio di Francesco Orsini.