L 'annesso corpo conventuale, nel 1599, per volonta' popolare, fu assegnato ai Minori Osservanti Riformati, quando insorse una violenta disputa per la nomina del guardiano del convento, contro i frati di Altamura dello stesso ordine, i quali tentarono, ma senza successo, di imporre a capo della comunita' monastica un tale Padre Graziano. Quella assunse i contorni di una vera e propria rivolta che portò, appunto, alla separazione del convento di S. Sebastiano dall'Osservanza per farlo divenire parte della "Custodia Riformata. " Dopo la frattura con la Provincia, i padri riformati, rimasti soli, elessero il proprio custode di governo nella persona di p. Luigi Galatino".

Risalgono a quell'epoca i notevoli lavori di ampliamento e trasformazione della fabbrica conventuale nonche' il potenziamento dell' attivita' dell' ordine che vi era insediato. Sorse, infatti, fra l'altro una ricca biblioteca di opere ecclesiastistoriche e letterarie, nonche' un primo ed importante lanificio , in cui affluiva tutta la lana proveniente dalle campagne locali e, da quelle di Foggia, lana che, dopo essere stata cardata e filata, diveniva oggetto di distribuzione ad altri conventl. Allo scopo di fornire una sia pure sintetica descrizione della configurazione architettonica del complesso, riteniamo utile alcuni stralci di un documento di notevole interesse del 20 Agosto 1845, con il quale il Ministro Provinciale dei Padri Riformati di S.Nicola di Bari invita Padre Domenico da Noci a possesso del Convento di S. Domenico, permutato con quello di S. Sebastiano.

Ed in quella relazione e' detto che all' epoca, il convento contava complessivamente 50 stanze disposte al piano terra e a quello superiore. Al piano inferiore erano ubicati un vecchio ed un nuovo refettorio, un pozzo, una cisterna in uso, una anticucina da cui si accedeva ad uno dei due giardinetti di cui il convento era dotato e nei quali dimoravano alberi da frutta di vario genere e viti. E' precisato, inoltre, che l'ingresso principale al convento avveniva dal lato allineato a quello della Chiesa, attraverso un portale "archivoltato".