Della primitiva chiesa di Sovereto che fu costruita sulla grotticella dove fu ritrovata l'icona non si ha alcun riferimento descrittivo tranne un accenno circa la sua copertura a capriata. Troppi rimaneggiamenti e molte trasformazioni ha subito nel corso dei secoli. L'unica testimonianza visiva pervenutaci intatta è costituita dall'abside, mai finora rilevata dalla storiografia artistica interessata al Medioevo pugliese. Anche perché essa sfugge alla osservazione interna del visitatore in quanto nascosta dietro il grande dossale barocco in legno scolpito e indorato, proveniente dalla chiesa di Ciurcitano dopo la sua sconsacrazione, mentre all'esterno la vista é preclusa da una muraglia che circonda l'adiacente giardino di proprietà privata. C'é infatti da evidenziare che l'assurdo smembramento e la vendita all'asta del complesso soveretano, andato quindi in possesso di privati, non consente al visitatore una ricognizione dettagliata delle singole parti dei più antichi edifici, impedendo così di promuovere qualsiasi azione intesa a riportare ripristino, ordine e decoro all'ambiente. Si auspica però almeno un intervento che interessi l'abside. Si potrebbe infatti spostare dal vano interno dell'abside il dorsale barocco che potrebbe essere sistemato in una delle cappelle laterali, in modo tale da mettere a vista l'intero vano absidale e da poter anche fare una sorprendente scoperta: dietro il dossale infatti si nasconde un affresco raffigurante Cristo benedicente con 4 apostoli, che potrebbe essere coevo alla primitiva ecclesia. Da un esame accurato dell'abside non dovrebbe essere tuttavia difficile individuare l'epoca in cui la primitiva ecclesia venne costruita. Raffrontata con quella della Chiesa di Cesano, potrebbe ritenersi a prima vista molto simile. Molti infatti gli elementi: forma, estensione, parario murario in conci ben comuni squadrati e lavorati a martellina, apparecchio accurato degli stessi a conci regolari, semicupola a copertura di chiancarelle, monofora con cornice centinata e decorata da un arco lunato. Risolutivo potrebbe essere il raffronto tra i due fregi in pietra che decorano il centro delle monofore. Quello dell'abside di Cesano raffigurava una treccia di nastri; è infatti di qualche anno fa l'atto vandalico che ha ridotto in frantumi il bel fregio decorativo; quello di Sovereto é invece una spina di pesce. Tutti elementi decorativi che notoriamente costituiscono un tema tipicamente romanico.
In tal contesto figurativo stilistico vanno visti e spiegati altri elementi decorati vi che appaiono nell'abside di Sovereto: archetti pensili, fregi terminali degli stessi di diversa fattura e alternati da mezze colonne che scendono alla base, pregevoli decorazioni a basso rilievo nella cornice centinata della monofora.
Di quel medesimo stile e della stessa complicità ed eleganza di forme e decorazioni doveva essere almeno la facciata della chiesa, che doveva quindi risultare un piccolo gioiello di Romanico pugliese. Comunque oggi la chiesa si presenta con una semplice e rustica facciata alla cui destra si eleva il campanile.
La pianta era dapprima rettangolare, poi é diventata a croce latina con due altari nei bracci. Quasi al centro della navata c'é sul pavimento l'accesso alla grotta miracolosa chiusa da una grata in ferro.
Nel 700 il santuario fu ricoperto all'interno di buoni stucchi però contrastanti l'originale stile romanico.
Degli edifici che ospitavano i cavalieri e le monache, e dell'ospedale ci sono giunte soltanto le facciate, sulle quali spiccano due bifore (di cui una tamponata) di stile romanico. Degli interni non rimane nulla poiché, come ho già detto, questi sono stati destinati ad abitazioni private.