Già all'inizio del XII secolo dovevano essersi verificati in loco Sovero, in quel tempo ricoperto di un fitto bosco di querce (da quì l'etimo), fatti che sfuggono ad ogni possibile indagine per mancanza di fonti documentali. E' invece datata 1131 una bolla dell'arcivescovo Angelo di Bari in cui si trova citato per la prima volta il toponimo, e dal contesto é chiara la presenza in quel luogo di un complesso religioso; in un'altra bolla del 1172 si fa chiaramente riferimento alla ecclesia Sancte Maria de Suberito, e nel 1203 si parla di due comunità monastiche e della domus hospitalis.
Ma tutto questo suppone già l'evento principale entrato poi nella leggenda. Si perde nella notte dei tempi la genesi di un racconto popolare, trasmesso da una lunga serie di generazioni e arricchitasi di contorni leggendari, che parte dal ritrovamento in una grotticella del Sovero di una icona raffigurante la Vergine con il Bambino.
Incerta rimane l'epoca del ritrovamento, indicata variamente in un'area cronologica compresa tra l'anno mille e la prima metà del XII secolo. In definitiva, tuttavia, convergono le tradizioni intorno a dati cronologici. Senza dover necessariamente risalire alle massicce immigrazioni di monaci Basiliani nelle regioni meridionali risalenti al VI sec., in particolare a quello successivo per la persecuzione iconoclasta nell'impero Bizantino, va piuttosto considerata a presenza in Puglia dei monaci greci fra il X e XI sec. Essi si sparsero nelle campagne per condurre una vita di austero ascetismo nella solitudine e nella preghiera. In tale contesto si situano le numerose cripte medievali pugliesi, che costituiscono una prerogativa artistica tutta propria sia dal punto di vista architettonico che pittorico. In questo alveo cronologico-artistico va probabilmente collocata l'icona della Madonna di Sovereto oscillante tra la fine dell'XI sec. e il 1173; il primo termine cronologico si riferisce alla cessazione del dominio bizantino nell'Italia meridionale e quindi alla scomparsa dei monaci, mentre il secondo documento in cui si registra la presenza di una ecclesia Sancte Marie de Suberito. Però tutto lascia credere che sulla grotticella del Sovero sia sorta subito una cappellina, sostituita poi dalla ecclesia. Come già accennato la storia del Santuario di Sovereto registra un fatto di eccezionale importanza per la vita religiosa del paese: la venuta dei Cavalieri 0spedalieri di S.Giovanni e delle Monache del monastero di S. Marco. I cavalieri assolvono il compito di difendere i pellegrini e i crociati in Terra Santa, che transitano per la vicina Via Appia - Traiana e imbarcarsi da Brindisi; alle Monache di San Marco é affidato il compito di onorare la Madonna. Di queste presenze si ha notizia in vari documenti del XIII sec. anche se con molta probabilità si erano stabilite nel secolo precedente.
Dai nostri storici é discusso se i Cavalieri fossero teutonici,
templari o Gerosaliminitani, ma sembra che, in particolare da uno studio
fatto sulla forma dell'abito che risulta rappresentato sulle tombe di alcuni
precettori sepolti nella chiesetta, l'ordine fosse quello dei Cavalieri
di S. Giovanni di Gerusalemme, successivamente detti di Rodi o di Malta.
Agli stessi cavalieri di S. Giovanni appartenne fin dal 1224 la Chiesa
di Ciurcitano.
Questa Chiesa assunse un ruolo di rilevante importanza sino al '600, un
secolo dopo la chiusura della Precettoria di Sovereto, a cui era legata
nell'organizzazione ecclesiale. Il destino della chiesa di Ciurcitano e
di Cesano fu segnato in particolare dalla visita nel 1725 del vescovo di
Bisceglie Antonio Pacecco, il quale visto il grado di deplorevole abbandono
e la fatiscenza delle stesse ordinò di ridurle a stato profano,
destinandola così alla "morte", dalla quale sembra essersi difesa
solo la Chiesa di Cesano. L'unica ad essere recuperata con un certo restauro dopo la visita
del Pacecco fu la chiesa di Sovereto.