Questo periodo è caratterizzato dall'attuazione di un vasto piano di sviluppo edilizio che nel 1446 si compendiò nell'autorizzazione ad occupare i suoli demaniali rimasti ancora liberi. Le testimonianze più salienti dell'espansione urbana sono rappresentate dalle costruzioni di complessi edilizi ubicati a ridosso della cinta muraria di mezzogiorno (attuale muraglia), ove erano i suddetti "pagliari". Nella via S. Orsola ove nel 1542 fu costruito il palazzo Lepore (15)con ingresso dall'atrio della chiesa di S. Vito, e in via Morte lungo la quale nel 1550 fu costruito il palazzo Nesta (16).
Tra il 1400 ed i primi anni del 1500 nel nucleo antico furono edificate numerose chiese delle quali si ricordano le seguenti:
- la chiesa di S. Maria De Principe (1423), ricostruita nel 1614 dalla congregazione della Morte che diede nome all'attuale chiesa;
- la chiesa di S. Maria Degli Angeli (18) nel 1481;
- la chiesa di S. Lorenzo (22) nel 1498 in via S. Orsola;
- palazzo Tattoli del 1593;
- palazzo Gadaletadel 1550 (fig. 19).
Nella prima metà del 1500 iniziò la costruzione del monastero delle Cistercensi (20) in via S. Pietro (attuale orfanotrofio) , nel cui complesso si spostò l'antico convento, già prima ubicato in via S. Maria De Principe.
Anche le costruzioni politiche amministrative ebbero notevole impulso. Infatti fu riattato l'antico castello, distrutto nel 1416, adibendolo a palazzo di città, mentre nella seconda metà del 1500, fu restaurata l'attigua casa del Capitano; furono ristutturati il molo e la casa della Guardia della Porta e fu realizzato l'ufficio della Dogana, in prossimità della Porta della Terra. In angolo tra le vie Piazza e Amente sorsero i locali deL SEGGIO DEI NOBILI (del quale sono visibili solo tre arcate) e sopra di questi fu costruita la casa del Monte di Alessio.
Ma un particolare interesse dello sviluppo edilizio fu rivolto alla realizzazione del sistema difensivo che nel 1515 si concretizzò nei seguenti avvenimenti:
- dal lato Mezzogiorno si attuò il consolidamento della preesistente cerchia muraria medievale e il rifacimento delle due porte di accesso alla città: la Porta della Terra e quella del Castello (verso Levante detta "Porticella")(P);
- a Settentrione fu realizzato il torrione Passaro che rappresenta un valido esempio di torre difensiva cilindrica che, pur se costruita nel 1500, si ispira all'architettura medievale.
Il De Gennaro scrive che nei primi del 1500 lungo il perimetro delle mura di Mezzogiorno non si addossavano fabbriche consistenti e che dalla Porta della Terra (la più importante) si accedeva ad uno slargo di notevole dimensioni, la Piazza, che la toponomastica dei primi del 1500 non esita ad identificare con la porta stessa. Tale segnalazione avvalora la tesi della mancanza di una matrice romana nell'impianto urbanistico del borgo antico. Una parte degli edifici adiacenti alle mura fu realizzata, invece, nella seconda metà del secolo, per iniziativa del "capitolo", sulle aree dove esistevano i "pagliari".
Nel 1529 si verificò un avvenimento di notevole importanza per la storia di Molfetta: "il Sacco", del quale sotto il profilo edilizio si ricordano gli effetti devastatori delle soldatesche francesi sul tessuto urbano. In quell'occasione furono effettuate numerose distruzioni che in parte modificarono l'aspetto architettonico di molte aree della città all'interno e all'esterno della cinta medievale.
Nel suburbio furono distrutti numerosi siti devozionali ed assistenziali come:
- gli ospedali dell'Annunziata e della Trinità, la chisa di S. Stefano (4), dirimpetto alla porta della Terra, la chiesa di S. Angelo (in prossimità dell'attuale piazzetta S. Angelo), la chiesa e l'annesso convento di S. Bernardino, posti a Levante della città. Nel nucleo antico i guasti maggiori accaddero alle case ubicate in via Scibinico, in via Forno, in via Trescine e nella pubblica Piazza.
Nonostante lo spiriti di ripresa dei cittadini, pur attuandosi dalla seconda metà del 1500 in poi in un vasto piano di ricostruzione, alcuni edifici distrutti durante il "Sacco" e molte chiese "continuavano a dare triste spettacolo di se ancora a fine secolo, tanto che toccò al vescovo Bovio, nei primi anni del seicento, di abbatterle senza aver chiesto la preventiva autorizzazione alla Sede Apostolica".
Tuttavia alla fine del 1500 nel nucleo antico risultavano ancora libere le aree attorno alla Piazza (mercato) e quelle prospicenti il largo Castello e la chiesa di S. Nicolò ( in via S. Orsola).
Queste aree furono costruite, in seguito, nel '600 e, in maggior numero, nel '700.
Tra le opere programmate dal piano dello sviluppo edilizio va ricordata la costruzione della seconda cinta muraria che ebbe inizio nel 1553 allo scopo di permettere un' idonea espansione della città, poiché già nella seconda metà del '500, il Borgo risultava saturo di costruzioni, specialmente quelle di edilizia minore.La seconda cinta muraria, oggi totalmente distrutta, tranne un modesto rudere situato nell' angolo tra via Bassi e piazza Respa (fig. 26 b), seguiva il tracciato delle attuali vie S. Rocco, Ten. Ragno, S. Pansini, Piazza Vittorio Emanuele, Piazza Respa, via U. Bassi, e Piazza Garibaldi, dal lato più vicino al Seminario Vescovile .
Nell' area di piazza Respa le mura si addossavano all'antico castello Gonzaga; questo fu costruito nel 1595 e distrutto nel 1785 per far posto, nel 1790 al monastero delle Domenicane e all'annessa chiesa di S. Teresa realizzata poi nel 1835.Mentre - all'esterno del nucleo antico- si completava la costruzione della seconda cerchia di mura, si realizzavano i seguenti complessi monastici:
- il convento di S. Domenico (1a), a Ponente, nel 1570 e la vicina chesa di S. Rocco nel 1578, distrutta nel 1891;
- la chiesa di S. Maria Maddalena (2a) nel 1597;
- il convento dei Cappuccini sulla via di Terlizzi (3a).
Tra la fine del '500 ed i primi anni del '600 iniziò la costruzione del quartiere delle "Camere Nuove" sulle aree circostanti il convento di S. Francesco (7) che sorgeva nella zona fin dal 1220.