La chiesa costruita da Federico II non era precisamente come la vediamo oggi: l'entrata era situata dalla parte opposta all'attuale con il grandioso portale al centro e le due porte laterali. Nella parte opposta (attuale facciata) era situato l'abside; la bifora (attualmente situata sull'arco del duomo) stava al posto attuale del rosone; l'unica torre campanaria, quella di destra, era mozza, senza il terzo piano e la cupola. Alla cosruzione federiciana sono da attribuire ancora i matronei, le 12 trifore del matroneo che da' sulla piazza, i sottostanti 7 arconi che costituivano il porticato, le 8 trifore che danno sull'arco del Duomo e su via Candiota (4 di esse furono murate in seguito), tutti i capitelli delle colonne, le due bifore che ora si trovano internamente ma che anticamente abbellivano la facciata.
