Nel 1485 l'arciprete Francesco Rossi ottenne dal Pontefice Innocenzo VIII il beneficio di elevare la chiesa di Altamura da Parrocchiale a "Collegiata insigne". La Chiesa necessitava, quindi, di un ampliamento che fu iniziato nello stesso 1485. Alla morte di Rossi fu nominato arciprete Niccolo' Sapio al quale fu attribuita la piu' ardua impresa mai verificatasi dalla costruzione della Chiesa. Si riteneva che egli avesse fatto spostare, pezzo per pezzo, la facciata originaria dalla parte occidentale, ove Federico II l'aveva collocata, alla parte orientale ove attualmente si trova e smontare il meraviglioso portale che colloco' sulla nuova facciata. Sapio termino' internamente la parte aggiunta costruendo il nuovo presbiterio ove situare gli stalli del coro in noce. L'opera di rifacimento non fu da lui interamente completata per il sopraggiungere della morte che lo colse nel 1548. Gli successe l'arciprete Salazar che, osteggiato nella sua legittima presa di possesso dell'Arcipretura dal Clero e dal popolo altamurano, fu costretto ad istallarsi con la forza, abbattendo la porta della Chiesa che gli era stata prepotentemente chiusa. Egli fece costruire l'altra torre campanaria (quella verso l'attuale Arco del Duomo), senza il terzo piano e la cupola, in simmetria con l'altra gia' esistente e fece rifare la porta che i sui uomini avevano abbattuto.
