La chiesa di S. Maria di Siponto viene a buon diritto annoverata fra le più belle e felici creazioni della scuola di architetti della Puglia d'età romanica. All'esterno essa si presenta come una massa stereometrica, cubica, sulla quale appaiono proiettate fughe di archi: infatti all'organismo fondamentale a pianta quadrata, di scarso sviluppo in altezza, si appoggiano delle arcate a tutto sesto Su semicolonne corinzie.
  La facciata inquadra al centro un bellissimo portale arcuato con due colonne libere poggianti Su leoni stilofori; il portale è sottolineato da motivi classicheggianti con una serie di ovoli sormontati da una fascia di acanibus spinosus il quale ritorna nella ghiera degli archetti laterali; il protiretto a sua volta presenta fasce di elementi decorativi continui di fiamme e di acanto che doveva essere inquadrato da una ghiera liscia.
  Ai lati del portale, doppie arcatelle cieche su semicolonne corinzie: le colonne con entasis praticamente inesistente poggiano su basi a doppio toro e scozia di semplicissima fattura, comuni a tutte le manifestazioni artistiche della Puglia del XII sec. mentre il capitello, diverso in ciascuno esemplare, come vuole il gusto romanico di impronta orientale, risente più di ogni altro partito decorativo dell'influsso classico, cui il romanico meridionale si riattacca più che mai nel suo coerente " Kunstwollen ". Ciascuna arcatella cieca racchiude una formella assai finemente decorata con motivi diversi come croci, rombi, rosette etc.: le due arcate presso il portale, inoltre, recano all'altezza dell'abaco un'altra formella decorativa, che inquadra rombi digradanti verso il centro. Le arcate cieche hanno una lievissima tendenza, specie all'interno, verso il ferro di cavallo. Infine gli abachi delle semicolonne sono uniti fra di loro da un listello continuo che sorpassa e sottende le due formelle superiori. Una piattabanda di pietre più sottili unisce le chiavi di tutte le volte, ivi comprese quella del portale. La parte superiore dell'edificio è nuda, in conformità dei canoni del romanico più schietto.
  L'interno presenta non poca complessità, pur nelle linee semplici dell'impianto. Abbiamo, innanzi tutto, una chiesa inferiore ed una chiesa superiore che non comunicano però fra di loro. La chiesa inferiore, o cripta secondo la più comune ma inesatta dizione, è perimetralmente simile alla superiore, con le due absidi a S. e ad 0., ma presenta quattro grandi pilastri in corrispondenza con le colonne inserite nei più tardi pilastri a L della chiesa superiore.
  Abbiamo 14 colonne che sorreggono una tessitura di arcate a volta a crociera; due finestre a strombo nell'absidiola 0. danno luce all' ambiente. La chiesa superiore ha un ambulacro delimitato dai 4 pilastri colonnati, coperto a volta rampante a tutto sesto, mentre la parte centrale costituisce un tamburo ad incrocio di archi acuti, che sostiene un lucernario semplicissimo a cupola. All'esterno infine dobbiamo notare due superfetazioni di bruttissimo effetto, una a S, e cioè una cappelletta circolare, ed una a E, con la scala che conduce al piano inferiore.
  La chiesa presenta varie fasi costruttive. Di origine bizantina, sorta nei pressi d'un tempio pagano, fu consacrata da Pasquale II nel 1117.I terremoti del 1223 e del 1226 ne fecero rovinare delle parti, ed a quest'epoca risale quasi tutto l'involucro esterno e l'impianto architettonico dell'interno. Nella seconda meta del XIII sec., Carlo d' Angiò vi fece probabilmente costruire il tiburio e, meno sicuramente, la parete 0. dell'intero edificio. Ai secc. XVI - XVIII vanno attribuite le superfetazioni dei lati S. ed E., ed il campaniletto di facciata.
  La costruzione di epoca romanica, nonostante le numerose aggiunte, è ancor oggi quasi totalmente fruibile nella maestosità della sua concezione architettonica che al comune afflato di rinascita classicista dell'epoca in Puglia aggiunge motivi e suggerimenti derivati dal mondo orientale, diretti e filtrati attraverso l'esperienza pisana.
  Il confronto più diretto è da farsi con il duomo di Troia, mentre l'impianto generale è assai prossimo al monumento di Boemondo di Canosa.