Benozzo di Lese di Sandro, cui il Vasari dette il cognome di Gozzoli, prese la commessa dei frati francescani per la chiesa di Montefalco nel 1450 e ultimò il lavoro nel 1452.
Il ciclo delle storie dipinte dal Gozzoli comprende diciannove episodi della vita di san Francesco, rappresentati in dodici riquadri affrescati sulle cinque pareti absidali, e coronati dalla volta nervata, sui cui è raffigurato il santo di Assisi in gloria attorniato dai più importanti cinque santi dell'ordine da lui fondato.
E' andata purtroppo perduta la vetrata policroma, decorata dalla visione della ecclesia militans et triumphans.

Le pitture a fresco ricoprono interamente le cinque pareti dell'abside estendendosi al di sopra degli stalli del coro ligneo e disponendosi su tre file fino alle lunette. La lettura degli episodi comincia dalla fila inferiore della parete nord (a sinistra dell'osservatore) e prosegue da sinistra a destra, e dal basso in alto, partendo dalla nascita di Francesco per terminare con la sua morte che lo conduce alla salvezza e alla gloria del paradiso.