Il ciclo delle storie di san Francesco è sicuramente datato a dopo il 1317. Incaricato di affrescare le cappelle delle due famiglie di banchieri fiorentini, Bardi e Peruzzi, è Giotto di Bondone.
Il ciclo di affreschi sulla vita del santo nella basilica superiore di San Francesco in Assisi è servito come modello per i lavori nella cappella Bardi (terminati nel 1325), anche se lo spazio limitato ha reso necessario ridurre il numero delle scene da rappresentare.
Il ciclo delle storie dipinte da Giotto comprende sette episodi della vita di san Francesco. Le pitture a fresco ricoprono la parete sopra l'arco di ingresso e le due pareti laterali, disponendosi qui su tre file fino alle lunette. La lettura degli episodi comincia dalla lunetta della parete di sinistra (per l'osservatore che entra) e prosegue, rimbalzando nel tempo, da sinistra a destra, fino alle spalle, e dall'alto in basso, partendo dalla rinuncia di Francesco ai beni terreni per terminare con la visione della sua ascensione alla gloria del paradiso sulla parete esterna sopra l'arco di ingresso.
Dei quattro santi francescani originariamente rappresentati sulla parete di fondo, ai lati della vetrata policroma, ci restano solo gli affreschi con le figure di Luigi di Tolosa, Chiara, Elisabetta di Ungheria. La volta a crociera conserva immagini apprezzabili in tre delle sue quattro campiture, con le allegorie della Castità, della Povertà e dell'Obbedienza.

La cappella Bardi è stata completamente ridipinta nel XVIII secolo. Nel 1852 gli affreschi sono stati riscoperti, completandoli con le parti mancanti, e poi nuovamente ricoperti. Solo nel 1958-59 la Soprintendenza alle Gallerie di Firenze ha definitivamente ridato luce alle pareti affrescate da Giotto.